離婚原因の一つに「配偶者の生死が3年以上定かでないとき」があります。

3年とは通常3年の起算点は、さいごの消息もしくは音信のあった時とされています。
調査の結果いついつまでに確かに生存していたと確認されればその時から、
何らかの連絡があったとしたら
最後の連絡のときからとなりなります。

相手が生死不明といるわけなので、
協議離婚はもちろん調停離婚や審判離婚というわけにもいきません。
残された配偶者が裁判を提起し、離婚する旨の判決を得て離婚するほかありません。

裁判中に配偶者の生存が確認されれば、
むろん過去3年の生死不明があっても離婚を求めることはできません。
離婚が認められるには現に生死不明であることを要するからです。